ประกาศฯ ไม่ได้กำหนดบทลงโทษไว้ แต่ข้อมูลการดำเนินการจะนำไปใช้ประกอบการตรวจสอบตามหน้าที่และอำนาจของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน ซึ่งอาจพิจารณาโทษวินัยการเงินการคลังได้ และการที่หน่วยงานไม่กรอกข้อมูลในระบบฯ หากไม่ได้แจ้งการใช้ทรัพย์สินภายในเวลาที่กำหนดตามกฎหมาย อาจเป็นความผิดฐานจงใจปฏิบัติหน้าที่หรือใช้อำนาจขัดต่อบทบัญญัติแห่งรัฐธรรมนูญ ตามมาตรา ๗ แห่งพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการตรวจเงินแผ่นดิน พ.ศ. ๒๕๖๑